Да. Вы можете вносить изменения в опубликованные файлы документации:
через веб-интерфейс (редактирование файлов в репозитории);
через локальный Git-клиент с последующим выполнением git commit и git push.
При следующей пересборке в зависимости от выбранного режима manual/scheduled/on_push содержимое раздела будет сгенерировано заново поверх уже созданной структуры. Учитывайте это при правке текста вручную, если включен автоматический режим обновления.