Будет ли списываться плата за арендованный IP-адрес, если он не назначен виртуальной машине?

Да. Тарификация публичного IP продолжается, пока он находится в аренде. Тарификация не зависит от назначения публичного IP виртуальной машине.

Подробнее о правилах расчета стоимости использования сервиса.