Можно ли настроить фильтрацию трафика на уровне Magic Router?

Нет, Magic Router не предоставляет средств фильтрации трафика на уровне соединений с VPC и внешними сетями. Фильтрацию необходимо настроить на уровне VPC с помощью Security Groups или использовать сторонние решения для контроля доступа.