При удалении прямой зоны удаляется не только сама зона, но и все ее связи с VPC.
Авторизуйтесь в личном кабинете.
На верхней панели слева нажмите и выберите Сеть → DNS.
Перейдите на вкладку Прямые зоны.
В строке прямой зоны нажмите и выберите Удалить.
Подтвердите удаление.
Прямая зона будет удалена из списка.