При удалении домена удаляется не только сама зона, но и все ее связи с VPC.
Авторизуйтесь в личном кабинете.
На верхней панели слева нажмите и выберите Сеть → DNS.
Перейдите на вкладку Домены.
В строке домена нажмите и выберите Удалить.
Подтвердите удаление.
Домен будет удален из списка доменов.