Авторизуйтесь в личном кабинете.
На верхней панели слева нажмите и выберите Сеть → DNS.
Перейдите на вкладку Домены.
В строке домена нажмите и выберите Настроить связи с VPC.
Выберите нужную VPC-сеть из списка и нажмите Подтвердить.
Домен будет подключен к выбранной VPC-сети.