Как работает разрешение DNS-запросов в приватной доменной зоне?

Вы создаете DNS-сервер, настраиваете разрешение вашей приватной зоны в эти VPC, затем на адресах DNS-серверов разрешаете эту зону, более подробно описано в разделе Делегировать доменную зону.