Можно ли установить очередность репликации виртуальных машин в задании?

Да. Если необходимо определить порядок, в котором задание репликации должно обрабатывать VM, в разделе Virtual Machines выберите vApp или VM, добавленный к проекту, и с помощью кнопок Up (вверх) или Down (вниз) переместите vApp или VM вверх или вниз в списке. Чем выше позиция объекта в списке, тем выше его приоритет при обработке.

При добавлении в задание vApp размещенные в нем VM будут обрабатываться не по порядку, а случайным образом.