Как получить изменения данных, полученных через API ранее?

Вы можете использовать при запросе поле updated_dt, в котором указывается время последнего изменения строки. Для выборки по этому полю задайте нужные параметры start_updated_dt и end_updated_dt.

Чтобы найти строки в текущей базе, можно использовать ключ encode_id тех строк, что были изменены.