Рассмотрите возможность установки модулей APCu, XCache, memcached или eAccelerator для кеширования и оптимизации PHP-приложений.
Чтобы предотвратить атаки на сервер, используйте файл конфигурации Apache для фильтрации запросов по указанному IP-адресу.
Также вы можете воспользоваться услугами Cloud.ru для защиты от DDoS-атак и атак на уровне приложений. Подробности об услугах — на сайте cloud.ru.