Git использует учетные данные из файла ~/.git-credentials, если в глобальном файле ~/.gitconfig указан параметр:
[credential]helper = store
Решение
Для проверки текущего helper в вашем репозитории выполните команду git config --local credential.helper.
Чтобы задать отдельный файл с учётными данными только для текущего репозитория, используйте git config --local credential.helper 'store --file .git/credentials'
Эта настройка имеет более высокий приоритет по сравнению с глобальными и системными параметрами. После этого git будет использовать credentials из указанного вами файла, а не из ~/.git-credentials.