Можно ли восстановить сервер, после того как он был изменен?

Да, можно. Даже после того, как к серверу подключили новые диски или изменили существующие, сервер можно восстановить.

Если диск был добавлен после резервного копирования, то восстановление данных не изменит информацию на новом диске.

Если диск был удален после резервного копирования, то данные на сервер восстановятся без удаленного диска.